相关站点——平时查资料常去的几个公开站点，纯个人收藏
• 3K Rice Genomes Project
三千份水稻基因组重测序计划，把测序数据比对到日本晴参考基因组后得到大量单核苷酸变异，是后面很多水稻变异和泛基因组工作的数据基础。我主要用它查不同材料的变异位点。
• RPAN: Rice Pan-genome Browser
上海交通大学做的水稻泛基因组浏览器，基于 3K 计划的泛基因组分析结果，收录了三千多份材料的基因组序列、基因注释、基因有无变异和表达谱，可以按基因或材料检索并可视化。
• MBKbase
分子育种知识库的水稻部分，把重测序数据、种质资源、表型和其他组学数据整合在一起，做品种比较和育种相关查询时比较好用。
• RiceNet
水稻基因网络预测服务器，整合了共表达、共定位、蛋白互作等多类证据来推断基因之间的功能关联，可以拿一个基因去查它可能相关的其他基因。
• RAP-DB
水稻注释项目维护的基因组注释库，提供日本晴参考基因组的基因结构、转录本和功能注释，查基因位置和外显子结构时我一般先来这里。
• Rice Genome Annotation Project
MSU 水稻基因组注释项目，提供日本晴的基因组序列和 12 条染色体的注释信息，配套有检索页面和基因组浏览器。它的基因编号（LOC_Os 开头）在文献里出现得很多。
• IC4R
水稻信息综合资源，收录变异位点的详细注释，包括 SNP 的影响类型、基因功能等，也提供检索、浏览器和几个在线分析小工具。
• SR4R
面向水稻的 SNP 参考面板集合，提供了几套不同用途的标记集和配套工具，主要服务于群体遗传、进化和关联分析。
• RiceVarMap V2.0
水稻基因组变异及其功能注释的综合资源，收录了大量变异位点并给出功能注释，可以按基因或区间查材料间的变异情况。
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最后更新：2026 年 11 月
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